בימיו הראשונים הוצגו במוזיאון ממצאים ארכאולוגיים שהתגלו בעת חפירת יסודות למבנים שונים בקיבוץ וממצאים שנמשו אל סירותיהם של דייגי הקיבוץ. בשנת 1969 הקים שמואל ליפשיץ את המוזיאון והעניק לו את שמה של אשתו: מרים, שאספה את החרסים הראשונים שהוצגו במוזיאון. במשך הזמן גדל האוסף והתרחב והתווספו אליו ממצאים מחפירות יזומות וחפירות הצלה באזור. שפע הממצאים הארכאולוגיים המוצגים במוזיאון שופכים אור על התיישבות אוכלוסיות שונות באזור ומציגים את יחסי הגומלין בין האדם לים ומעורבותו בסביבה הימית מימי קדם ועד ימינו.